Алхимия как исторический феномен возникла в эллинистическом Египте в III веке до н.э. Термин "алхимия" происходит от арабского al-kīmiyā, которое в свою очередь восходит к греческому χυμεία — "искусство плавки металлов". Центром ранней алхимической традиции стала Александрия, где греческие философские концепции соединились с египетскими ремесленными практиками.

Основополагающий текст "Физика и мистика" написан греческим алхимиком Зосимой Панополитанским около 300 года н.э. В этом трактате впервые систематизированы представления о трансмутации металлов. Зосима описывает лабораторные процедуры с использованием серы, ртути, мышьяка и различных минералов.

Арабские ученые развили алхимическую традицию в VIII-XI веках. Джабир ибн Хайян, известный в Европе как Гебер, разработал теорию металлов, согласно которой все металлы состоят из ртути и серы в различных пропорциях. Его работы "Книга семидесяти" и "Сумма совершенств" содержат подробные описания химических процессов: дистилляции, сублимации, кристаллизации.

В Европе алхимия распространилась через переводы арабских текстов, выполненные в Толедо и Сицилии в XII веке. Роджер Бэкон в "Зеркале алхимии" (1267 год) утверждал экспериментальный подход к исследованию природы. Арнольд из Виллановы в медицинских трактатах применял алхимические методы для получения лекарственных препаратов.

Парацельс (Филипп Ауреол Теофраст Бомбаст фон Гогенхайм) в XVI веке реформировал алхимическую традицию, сместив акцент с трансмутации металлов на ятрохимию — приготовление лекарств. Его работа "Парамирум" (1525 год) содержит описания химических процессов, используемых в медицинских целях.

Практическая алхимия развивалась параллельно с металлургией и ремесленными производствами. В 1556 году Георгий Агрикола в труде "О горном деле и металлургии" систематизировал знания о рудах и металлургических процессах, отделив технические аспекты от мистических.

Королевское общество в Лондоне, основанное в 1660 году, способствовало превращению алхимии в научную химию. Роберт Бойль в "Химике-скептике" (1661 год) критиковал алхимические теории и ввел понятие химического элемента. Его экспериментальные работы заложили основы современной химии.

Антуан Лавуазье в "Элементарном учебнике химии" (1789 год) окончательно отделил химию от алхимии, сформулировав закон сохранения массы и создав систематическую номенклатуру химических соединений.

Современная ядерная физика доказала теоретическую возможность трансмутации элементов. Эрнест Резерфорд в 1919 году осуществил первую искусственную ядерную реакцию, превратив азот в кислород. В 1941 году группа ученых под руководством Гленна Сиборга в Беркли получила золото из ртути посредством нейтронной бомбардировки, однако экономическая нецелесообразность этого процесса исключила его практическое применение.

Историческое значение алхимии заключается в разработке лабораторных методов и аппаратуры, накоплении эмпирических знаний о веществах и их превращениях. Алхимические практики способствовали развитию фармацевтики, металлургии, производства керамики и стекла.

В XX веке психолог Карл Густав Юнг в работе "Психология и алхимия" (1944 год) интерпретировал алхимические символы как проекции психических процессов, однако эта интерпретация относится к области психологии, а не истории науки.

Современные историки науки, включая Лоренса Принсипа и Уильяма Ньюмана, исследуют алхимию как комплексное явление, включавшее практические ремесленные навыки, философские концепции и культурные практики. Музей истории науки в Оксфорде содержит коллекцию алхимических манускриптов и инструментов, демонстрирующих материальную культуру алхимической лаборатории XVI-XVII веков.

В 1900 году британский археолог Артур Эванс начал раскопки Кносского дворца на Крите, открыв минойскую цивилизацию. Радиоуглеродный анализ керамики определил расцвет минойской культуры между 2000-1450 годами до н.э. В 1939 году греческий археолог Спиридон Маринатос обнаружил на острове Санторини город Акротири, погребенный под слоем вулканического пепла толщиной до 60 метров. Геологические исследования показали, что извержение вулкана Тера произошло около 1645 года до н.э. с силой 7 баллов по шкале вулканической эксплозивности.

В 1952 году Майкл Вентрис дешифровал линейное письмо Б, доказав греческое происхождение микенской цивилизации. Археологические находки включают Фестский диск диаметром 16 см с 242 знаками, датируемый 1700 годом до н.э. Подводные исследования у побережья Турции выявили остатки ульбурунского корабля XIV века до н.э. с грузом меди весом 10 тонн. Дендрохронологический анализ древесины из Анатолии позволил уточнить хронологию бронзового века Средиземноморья.