Янтарная комната была создана в начале XVIII века немецкими и датскими мастерами по проекту Андреаса Шлютера для прусского короля Фридриха I. В 1716 году прусский монарх Фридрих Вильгельм I подарил кабинет российскому императору Петру I в знак союза между государствами. В 1743 году императрица Елизавета Петровна поручила Франческо Растрелли расширить композицию и установить её в Зимнем дворце, а затем в Царском Селе.

К 1770 году комната занимала площадь около 100 квадратных метров и содержала более 6 тонн янтаря разных оттенков. Реставрационные работы проводились в 1833, 1865, 1893-1897 и 1933-1935 годах. Последняя довоенная инвентаризация была выполнена в 1941 году комиссией под руководством Анатолия Кучумова.

22 сентября 1941 года немецкие войска группы "Север" вошли в Пушкин. Специальная команда "Кунсткомиссион" под руководством графа Зольмс-Лаубаха начала демонтаж панелей за 36 часов. Янтарные панно были отправлены в Кёнигсберг и выставлены в замке под наблюдением директора музея Альфреда Роде. В августе 1944 года при бомбардировках города британской авиацией замок серьезно пострадал. Роде в своем отчете от 2 сентября 1944 года подтверждал сохранность коллекции.

Основные версии исчезновения янтарной комнаты базируются на архивных документах и послевоенных расследованиях. Согласно показаниям Эриха Коха, рейхскомиссара Украины, комнату планировали эвакуировать в Центральную Германию. В докладной записке от 13 января 1945 года Роде предлагал вывезти коллекцию в Саксонию. Существуют документы о подготовке транспортировки через Пиллау.

Одна из версий предполагает затопление в соляных шахтах около Магдебурга. В 1945-1946 годах советские поисковые группы обследовали шахты Штольберга и Граслебена. Комиссия Кучумова обнаружила там другие ценности, но не янтарные панели.

Другое направление исследований связано с Калининградской областью. В 1997-2000 годах немецкие и российские эксперты проводили раскопки в районе бывшего замка Кёнигсберг. Археологи нашли фрагменты карнизов и декора, но не основные элементы комнаты.

Теория о перевозке в Южную Америку основана на показаниях капитана Людвига Штайна, который утверждал, что видел упакованные ящики в порту Готенхафена в апреле 1945 года. Однако в судовых журналах транспортных судов нет записей о подобном грузе.

В 1997 году немецкие журналисты обнаружили в архивах Мюнхена свидетельства о возможном захоронении в районе Вюнсдорфа, где располагался штаб советской военной администрации. Георадарные исследования выявили аномалии на глубине 6 метров, но раскопки не проводились.

Реконструкция янтарной комнаты началась в 1979 году по решению Совета Министров РСФСР. Работы велись по сохранившимся фотографиям и описаниям. К 2003 году воссоздание было завершено, и комната открыта для посещения в Екатерининском дворце.

Современные исследования продолжаются в рамках российско-германской рабочей группы. С 2015 года применяется технология LiDAR для сканирования потенциальных мест захоронения в Калининградской области. Архивный поиск ведется в Bundesarchiv и российских государственных архивах.

Анализ дневников Альфреда Роде, проведенный историком Кристианом Мюллером в 2018 году, показывает, что директор музея до последнего момента пытался сохранить коллекцию. Его записи от 12-14 апреля 1945 года содержат противоречивые сведения о состоянии панелей после бомбардировок.

Поисковые операции осложняются изменением ландшафта в послевоенные годы. Район замка Кёнигсберг был полностью перестроен, а многие подземные сооружения разрушены или затоплены. Современные исследования используют геофизические методы и архивные карты 1944-1945 годов.

В 2021 году российские историки опубликовали анализ трофейных списков 9-й гвардейской стрелковой дивизии, которая штурмовала центр Кёнигсберга. В документах упоминаются находки предметов из замка, но янтарные панели не фигурируют. Это подтверждает версию об эвакуации до штурма города.

Международная группа исследователей продолжает работу с документами из архивов Министерства государственной безопасности ГДР, где сохранились протоколы допросов членов "Кунсткомиссион". Эти материалы могут пролить свет на маршруты вывоза культурных ценностей в последние месяцы войны.